La Secretaría de la Contraloría de la UAQ supervisa y verifica el uso legal y eficiente de los recursos y patrimonio universitario, realizando auditorías, estableciendo políticas de control, evaluando el desempeño administrativo y gestionando denuncias sobre el uso indebido de recursos. También tiene funciones de asesoría, participación en órganos de adquisición, y actúa como Unidad de Información Pública, todo ello para asegurar la transparencia y el cumplimiento de responsabilidades de los servidores universitarios.